El Fuerte de San Felipe en la localidad de Bacalar se construyó bajo la dirección del capitan ingeniero de origen italiano Juan Podio, de forma cuadrada con piedra de caliza de coral y 4 baluartes en 1725 ante el temor del gobernador de la Capitanía General de Yucatán,  Antonio de Figueroa y Silva por los constantes ataques piratas y de la posible invasión inglesa desde Belice. En el fuerte se fueron realizando ampliaciones como la dirigida por el ingeniero Juan de Dios González Dávila en 1754 consolidando sus posiciones artilleras y en 1796 se le construyó el foso y su puente elevadizo. El fuerte participó en dos importantes acciones la de 1779 en la Guerra Anglo-Española y tras la independencia de México en 1821 la provincia de Yucatán llegó a ser casi un estado independiente produciéndose en 1858 la Guerra de Castas que enfrentó a los nativos mayas que vivian en esclavitud armados por los británicos con intereses invasivos y comerciales y que llegaron a ocupar la casi totalidad de Yucatán contra la minoría de crioyos y mestizos. Los rebeldes tomaron el fuerte de San Felipe el 21 de febrero de 1848 manteniéndose el conflicto hasta 1901 siendo el fuerte recuperado por el ejército mexicano.

En la actualidad tiene la consideración de Patrimonio Historico Nacional, es visitable y se encuentra un museo ubicado en uno de los baluartes donde se exponen piezas arqueológicas mayas y objetos de la época colonial, como armas, municiones y utensilios de uso cotidiano, así como planos, mapas y cédulas informativas.