El fuerte de San Fernando se construyó entre 1768 y 1775 en la población de Omoa bajo la dirección de los ingenieros militares Luis Díez Navarro y Antonio de Murga con el objetivo de proteger el puerto de piratas. Por su proximidad al mar (actualmente ha aumentado la playa y está más al interior) se empleó para su construcción  piedras y coral con muros en forma de semicírculo hacia el mar y rectas formando una flecha hacia el interior, estas protegidas por una empalizada su forma la hace innovadora por su forma triangular a diferencia de la forma clásica de cuatro baluartes; en su interior organizado en 31 bóvedas para distribuir las dependencias: para oficiales, tropa, cocina, polvorín, etc. y sobre ellas la casa del guardia de estilo barroco y en sus tres esquinas donde estaba instalada la artillería.

Poco después de su construcción en 1779 el fuerte y la bahía de Honduras fueron tomadas por los ingleses hasta el 5 de enero de 1781 en que el Capitán General de Guatemala, Matías de Gálvez y Gallardo con tropas provinientes de diferentes acuartelamientos de El Salvador y Honduras consiguieron expulsarlos. Con la Convención anglo-española de 1786 quedó establecida la soberanía española de la costa del Caribe.

Con la declaración de independencia de México a través del Plan Iguala por Agustín de Iturbide el 24 de febrero de 1821 se aceleró la independencia de centro-américa fundándose en marzo de 1824 la República Federal de Centroamérica que comprendía Guatemala, Honduras, El Salvador, Nicaragua y Costa Rica disolviendose en octubre de 1838. Es en este periodo en 1832, el fuerte fue tomado por guatemaltecos dirigidos por los coroneles coroneles Ramón Guzmán y Vicente Domínguez siendo vencidos por el general hondureño Francisco Ferrera. En agosto de 1853 en la guerra entre Guatemala y Honduras volvió a ser tomado por el coronel José Víctor Zavalay finalmente recuperado para Honduras por el general-presidente José Trinidad Cabañas Fiallos. El fuerte que también era utilizado como prisión fue bombardeado por la fragata británica HMS Niobe al mando de Sir. Lambton Lorraine entre el 19 y el 20 de agosto de 1873 para liberar a unos británicos empresonados 

En la actualidad el Fuerte de San Fernando tiene la consideración de Centro Histórico Nacional, es visitable y dispone de un museo.