Con una extensión de aproximadamente 43.000 metros cuadrados incluyendo el edificio histórico del Fuerte de San Lorenzo del Puntal, alberga a las unidades del Estado Mayor de la Fuerza de Acción Marítima de Cádiz (dependientes del Almirante de la Fuerza de Acción Marítima), Grupo Naval de Playa (dependiente del Almirante de la Flota), Unidad de Buceo (dependiente del Almirante de la Fuerza de Acción Marítima de Cádiz), y tienen su base de estacionamiento los siguientes buques: patrullero de altura "Vigía", buques hidrográficos "Malaspina", "Tofiño", "Antares" y "Rígel", remolcador "La Graña", buque auxiliar "Mar Caribe", aljibe "Condestable Zaragoza" y las lanchas hidrográficas transportables "Astrolabio" y "Escandallo".
También se sitúa en esta Estación Naval el Servicio Marítimo de la Guardia Civil.
El 30 de Junio de 2004, en cumplimiento a las Instrucciones nº 82/2004 y 90/2004 del AJEMA (BOD 89), la Estación Naval de Puntales pasa a integrarse en el Arsenal de La Carraca, formando parte de sus dependencias.