La historia de la Caballería Militar está vinculada con el uso de este animal para el Ejército.
Hay constancia de la creación de la Yeguada Real por Orden de los Reyes Católicos, instalándose en Aranjuez. En tiempos de Felipe II hace construir la Caballeriza Real en Córdoba, instalaciones que siempre serán para este fin pues fue sede del Cuarto Depósito de Sementales.
Con Felipe V quedan establecidas las remontas en la caballería militar para la cria y reposición de ganado del Ejército, si bien las directrices más vinculas con el pasado más reciente provienen de finales del siglo XIX cuando quedaron establecidos el Servicio de Cría Caballar y el Servicio de Remonta, con sedes en Granada, Córdoba, Jerez y Morón.
El 26 de junio de año 1893, se creó por Real Orden la Yeguada Militar instalándose en la dehesa de Moratalla.

En 1945 se estableció las más duradera organizacion de este Servicio en la siguiente estructura:
Tres Regiones Pecuarias al mando de un Coronel de Caballería, Delegado Principal de Cría Caballar.
Ocho zonas de Depósitos de Sementales algunas con sus respectivas Secciones Delegadas como Manacor, Jaén, Tenerife,...
Treinta Delegaciones Provinciales de Cría Caballar que ejercían como Delegados de Cría Caballar.
Una Yeguada Militar (Jerez) con sus correspondientes Secciones Delegadas Lore-Toki en San Sebastián, Cordovilla la Real en Palencia y Marquina en Vizcaya desde 1960 a 1972 con caballos cruzados para deporte español y pasa en 1972 a la Sección de Ibio en Mazcuerras (Cantabria) .

A partir de 1991 se eliminan la Regiones Pecuarias y se comienzan a reducir y unificar servicios, realizándose diferentes reorganizaciones y en la actualidad se rige por el Real Decreto 701/2013 en el que se estingue el Organismo Autónomo de Cría Caballar de las Fuerzas Armadas, siendo todas las funciones y competencias de este Organismo Autónomo asumidas, a partir del 01 de enero de 2014, por la Secretaría General Técnica del Ministerio de Defensa.