La Unidad de Servicios dela Base San Pedro tiene como misión la seguridad y mantenimiento de las instalaciones, disponer de los transportes necesarios y la atención al personal destinado en cuanto a sanidad, alimentación, vestuario, apoyo y prevención de riesgos laborales.

En esta base estuvo durante años el Centro de Instrucción de Reclutas nº1 CIR1 y tenía su acuartelamiento la COE nº 11 del Regimiento Inmemorial nº 1.

En la Base San Pedro tienen su acuartelamiento:

- Agrupación de Apoyo Logístico nº 11 (AALOG 11), Creado en 1987 ubicado inicialmete en el Acuartelamiento "Muñoz Grandes" en el Paseo de Extramadura, 441 en el barrio de Campamento de Madrid. Con la aplicación del Plan Norte el 1 de Enero de 1999 se traslada a la Base Logística de San Pedro.
Su misión es la de reforzar y apoyar con unidades móviles en maniobras a través del suministro de aljibes, cisternas, duchas, lavandería, panificadoras a sí como equipos móviles para el mantenimiento de vehículos, armamento, ect.
Cabe destacar su participación en misiones internacionales tales como en Bosnia i Hercegovina, Kosovo, Irak, Haití, Congo, Libano, Afganistan y otras.

- Centro Militar de Farmacia de la Defensa (CEMILFARDEF) único laboratorio farmacéutico de titularidad pública, es capaz de elaborar medicamentos sin interés económico para la industria pero esenciales como los antídotos NRBQ. Como depósito estatal estratégico también permitiría atender las necesidades farmacéuticas de las Fuerzas Armadas y del conjunto de la población española si se detuviese la producción de medicamentos debido a alguna emergencia sanitaria provocada por un conflicto internacional, un desastre natural o una pandemia.

- Establecimiento Disciplinario Militar Centro (EDM Centro).