El actual museo del Ejército es el heredero del creado en Madrid en 1803 como Real Museo Militar ubicado en el Palacio de Monteleón hasta 1816 y posteriormente al Palacio de Buenavista dividiendose en dos secciones independientes Artillería e Ingenieros en 1827 incluso con accesos diferenciados hasta 1841 en que al quedar el Ministerio de la Guerra instalado en este palacio ambos museos vieron reducido su espacio trasladandose el Museo de Artillería al palacio del Buen Retiro y el Museo de Ingenieros al palacio de San Juan. También se crearon de otros museos militares: el Museo de Intendencia (1885), el Museo de Caballería (1889) y el Museo de Infantería (1908).  En 1932 se unificaron todos en el Palacio del Buen Retiro.

El Museo del Ejército forma parte de la  Red de Museos de España es de titularidad y gestión estatal, adscrito al Ministerio de Defensa y dependiente del Instituto de Historia y Cultura Militar del Ejército de Tierra. En 2010 se trasladó al Alcazar de Toledo