Construido en 1716 como batería para la protección de la costa de Algeciras ante una posible invasión inglesa, tras la entrega a Inglaterra del Peñón de Gibraltar por parte de Felipe V al finalizar la Guerra de Sucesión. En 1801 participó en la Batalla de Algeciras disponiendo de 14 cañones y 4 morteros.
Fuerte Santiago ubicado junto al parque de María Cristina fue el resultado de unir el cuartel de Artillería con el Cuartel General Castaños que alojó al Rgto. de Infantería Extremadura nº 15 hasta 1978 que fue trasladado a Almería para convertirse en Batallón de Infantería III de Extremadura hasta su disolución en 1985 al integrarse en el Rgto. de Infantería Granada nº 34. Fueron construidos en 1892 en un extremo del parque y para la construcción del mismo se expropiaron los terrenos que tenían el nombre de Cortijo el Calvario de ahí el sobrenombre que se les daba a estos cuarteles.
El Regimiento de Artillería Mixto (RAMIX) nº5 ocupaba el cuartel adjunto Fuerte Santiago desde 1957 finalizando su presencia en Algeciras como RACTA nº5 en diciembre de 2007.

Con diferentes reorganizaciones durante el siglo XX la Artillería de Costa en Cádiz es en 1929 el Regimiento de Artilleria de Costa de Cadiz que en 1950 se reorganiza como Regimiento de Artilleria de Costa nº4 (Cádiz) y Regimiento de Artilleria de Costa nº5 (Algeciras). En 1960 al incluirles baterías anti-aéreas pasan a la denominación de Mixtos, en 1965 en dependencia de la Brigada de Artilleria del Estrecho, BRARTE quedando incluido el RAA 74 y en 1980 los RAMIX 4 y 5 cambian su denominación a RACTA dependientes del MACTAE
El 25 de Enero de 2001, Defensa hace entrega del Fuerte a la ciudad de Algeciras finalizando su uso militar.