Construido en 1756 en terreno continental para sustituir el presidio de Isla de Santa Rosa Punta de Siguenza destruido por los huracanes. La construcción del presidio de San Miguel se realizo como ampliación a un fortin de avanzada ya existente y con el mismo nombre  desde 1740. Bajo las órdenes de su coronel Miguel Román de Castilla y Lugo se edificaron los pabellones para oficiales, tropa, almacenes, hospital e iglesia y de ladrillo el edificio para el gobernador. Con la toma de Florida por los ingleses en su misma ubicación construyeron un fuerte nuevo conocido como Fuerte de Pensacola en 1763..