Fundado el 12 de abril de 1782 para la protección de las misiones del Segundo Distrito Militar que se extendía desde los límites meridionales del actual condado de San Luis Obispo hasta el Pueblo de Los Ángeles, incluido este.

El lugar fue elegido por Felipe de Neve, primer gobernador de Las Californias al considerar que la zona era vulnerable a ataques y disponía de un puerto protegído de las tormentas, el lugar bendecido por Fray Junípero Serra y nombrado su capitán a José Francisco Ortega quien dirigió la construcción como fortaleza con forma de cuadrángulo con sólido muro exterior, un patio de armas central y bastiones para cañones.

Su protección e iglésia interior atrajo la llegada de nativos chumash que cultivaron a su alrededor lo que facilitaría la creación de la misión de Santa Bárbara. Si bien se abastecía de las misiones de su alrededor comerciaba con barcos cazadores de nutrias que se le acercaban a puerto. En 1812 sufrió fuertes desperfectos por un terremoto. De sus actividades militares descable la de 1818 siendo su capitán José Antonio de la Guerra logrando auyentar al pirata argentino Hipólito Bouchard que acababa de quemar Monterrey. El 27 de diciembre de 1846 apenas disponía de guarnición mexicana y ante la llegada del militar y explorador John Charles Frémont se le rindieron sin emplear las armas.

En la actualidad parte del presidio fue derribado para facilitar el trazado urbano de Santa Bárbara ya que se encuentra en el centro de la ciudad siendo restaurados desde 1963 el resto de edificaciones incluida la capilla. Está administrado por la Santa Barbara Trust for Historic Preservation y está inscrito en el Registro Nacional de Lugares Históricos) de los Estados Unidos