Creado en 1721 tuvo dos ubicaciones iniciales quedando finalmente establecida junto al rio San Antonio y como protección de la Misión Nuestra Señora del Espíritu Santo de Zúñiga. Pudo repeler en 1821 un ataque de colonos británicos que pretendían expulsar a los españoles e instaurar la república de Texas; en 1835 ya establecida la República de México (en 1821 México obtubo su independencia) el presidio fue tomado por los independentistas texanos sin apenas bajas y quedandose además con todo el arsenal. Durante la Guerra de independencia de Texas el presidio fue reconquistado por el ejército mexicano probocando la "masacre de Goliad" el 27 de marzo de 1836 en la que 365 independentistas texanos fueron fusilados a las afueras de Goliad. Misión y presidio desde 1933 se han ido haciendo diferentes trabajos de reformas y rehabilitación y desde 1977 está inscrito en el Registro Nacional de Lugares Históricos siendo gestionados por el Departamento de Parques y Vida Silvestre de Texas.

Los "presidios" eran fortificaciones de carácter militar a lo largo de la frontera, se distribuíyeron por el norte de México, Texas, Nuevo México, Arizona y la costa de California, sus militares iban acompañados por sus familias. Su guarnición solía ser una compañía compuesta con unos cien soldados, un teniente o alferez, sargentos, cabos y a su mando un capitán y que realizaban la vigilacia exterior con las llamadas "compañías volantes" cuya principal función era la defensa de las misiones y los ranchos frente a los ataques de los indios como también contra incursiones francesas provinientes de Louisiana antes de pasar a soberanía española.