Construido en 1722 en la isla de Santa Rosa para sustituir el Presidio de Santa María de Galve que habían dejado incendiado los franceses tras su marcha. Su nombre fue en honor al científico y explorador Carlos de Sigüenza y Góngora. Disponía de 40 casas y una gran iglesia que quedaron destruidos en los huracanes de 1741, 1752 y 1756 por lo que se construyó otro en zona continental llamado Presidio San Miguel de Panzacola en 1762.

En la actualidad en sus inmediaciones se encuentra Fort Pickens dentro del sistema  en 1816 de construcción de fuertes costeros para proteger vías fluviales y puertos marítimos importantes de EE.UU. Los estudios arqueológicos y escavaciones realizadas por University of West Florida han encontrado restos en muy buen estado incluso el naufragio asociado de una fragata, el Rosario, que se hundió en 1705. La zona está incluida en el Ragistro Nacional de Lugares Historicos.