El presidio de San Ignacio fue fundado en 1752 en la Frontera Norte del Virreinato de Nueva España junto al rio Santa Cruz para la defensa del territorio y de las misiones frente a los ataques apaches. Construido como era frecuente con unas dimensiones de 100 por 100 mts. de adobe, vigas de pino o chopo americano y tejados de cubierta vegetal de ocotillo. El 8 de enero de 1774 el capitán del presidio Juan Bautista de Anza dirigió expediciones para establecer una ruta por tierra hasta California pasando por lo que llegarían a ser las ciudades de Mexicali, Los Angeles y San Francisco el objetivo era encontrar un buena ruta que facilitara el acceso a la Alta California dado el interés ruso de tomar territorio y avanzar hacía allí cruzando Alaska; por su éxito llegó a ser ascendido a gobernador dirigiendo guerras contra indios comanches siendo muy exitosas en Arroyo de Cuerno Verde (Greenhorn Creek) y en LLano Estacado lo que permitió pacificar y aumentar las caravanas de colonos y el comercio. En 1821 con la independencia de Mexico el presidio fue abandonado siendo ocupado por el ejército mexicano, después por el confederado cuando durante las Guerras Apaches en agosto de 1861 fue saqueado pudiendo ser reconstruido si bien ya no volvió a utilidad militar desde la rendición de Gerónimo en 1886. 

En la actualidad tiene la consideración de Parque Histórico Estatal, está inscrito en el Registro Nacional de Lugares Históricos disponiendo de un museo donde se puede apreciar un cierta reconstrucción.