Con motivo del los constantes actos de piratería en el océano Índico en 2005 el Consejo de Seguridad de la ONU creó una serie de Resoluciones para proteger el tráfico marítimo en la zona. El 21 de septiembre de 2008 el Ejército del Aire creó la Operación Centinela Índico enviando a 39 militares y un avión de patrulla marítima P-3 Orión perteneciente al Ala 11 de la Base Aérea de Morón de la Frontera (Sevilla) con destino a la Base Militar francesa 188 de Camp Lemonier en Yibuti. 

El 23 de enero de 2009 se unió España a la Operación Atalanta según disposición del Consejo de la Unión Europea creando una fuerza aeronaval (EUNAVFOR) en el marco de la Política Europea de Seguridad y Defensa con la misma misión que es la vigilancia de la zona maritimo-costera y la protección de buques mercantes y pesqueros ante los constantes casos de secuestros producidos por piratas somalies de hecho se logró evitar el secuestro de tres barcos mercantes. Esta zona marítima es utilizada por unos 20.000 buques al año, en 2008 se produjeron 134 ataques de piratas y 40 secuestros entre ellos el del pesquero español Playa de Bakio y en octubre de 2009 el del pesquero vasco Alakrana.

El Destacamento Orión del Ejército del Aire continuó establecido en Yibuti, se amplió a 55 personas y se emplea bien un avión P-3 Orión o un D-4 VIGMA estando en contacto y enviando información al Cuartel General de Northwood (Reino Unido).

La participación de la Armada en la Operación Atalanta se inició el 23 de enero de 2009 con el envio de la fragata Victoria y a partir de entonces asumió el mando de la Operación de forma alterna. Fue noticia internacional el 10 de septiembre de 2011 la liberación de una ciudadana francesa y la detención de sus secuestradores por parte del buque de asalto anfibio Galicia. En 2012 fue enviado el nuevo patrullero oceánico BAM Relámpago actuando como buque de mando el Mendez Nuñez.

En 2018 quedó ampliada la Operación Atalanta hasta 31 de diciembre de 2020 y el cambio de ubicación del Cuartel General de la Fuerza Naval de la Unión Europea (EU NAVFOR) de Northwood a la Base de Rota  debida a la salida del Reino Unido de la U.E. Durante estos años España ha asumido el mando de la Operación Atalanta de forma alterna con otros países a sí como buques de la Armada han ejercido como buques de mando como el Mendez Nuñez, Galicia, Numancia, Santa María...