En 1986 fecha de su creación se estableció en el el edifico modernista de la antigua Escuela de Aprendices de la Sociedad Española de Construcción Naval trasladandose en 2011 al que fue Cuartel de Presidiarios y Esclavos en su creación 1786 obra del ingeniero militar Mateo Vodopich siendo desde entonces un edificio presidiario hasta convertirse en Cuartel de Instrucción de Marinería. En 2013 se amplio con la creación de la sala Isaac Peral en el edificio colindante del siglo XIX antiguo taller de fundición del Arsenal.

Entre sus fondos puede verse la evolución desde la Edad Media hasta nuestros día en construcción de embarcaciones para la Armada, cartografía, armamento, buceo, armas submarinas, Infantería de Marina, el submarino diseñado por Isaac Peral y objetos personales a sí como un navío construido en el siglo XVIII entre otras piezas históricas.