El 1 de Julio de 1998 queda constituido el "Mando de Operaciones Especiales" reuniendo en un mando único las GOEs Valencia III, Tercio del Ampurdan y la XIX Bandera de Operaciones Especiales de la Legión estableciendose en el Acuartelamiento Alferez Rojas Navarrete (Antigua Base Rabasa) de Alicante.
La existencia de guerra de guerrillas nace en la peninsula iberica como acción de los hombres de Viriato frente al invasor romano, un grupo reducido de hombres que de forma sistemática ataca a unidades enemigas de forma rápida tanto en el atáque como en su retirada provocando de esta forma su continuo desgaste.
Preparación para ser un guerrillero:
La instrucción básica de combate dura un año y posteriormente los soldados son destinados a sus Unidades donde mejoran su instrucción en la nieve, tiro, paracaidismo, supervivencia, transmisiones y combate.
Las MOEs han participado en todos los escenarios internacionales en que ha estado presente nuestro Ejército.

Organización de las Unidades:
Diferente a cualquier unidad del ejército de tierra siendo de menor número de personal y los mandos de graduaciones superiores.
Es un General de Brigada quien ejerce la dirección del MOE, y las unidades equivaldrían a media compañía teniendo a su mando un comandante y unas dos o tres escuadras tienen a su mando un Capitán.

Las Unidades que componen el Mando de Operaciones Especiales son las siguientes:

- Cuartel General
- Grupo de Cuartel General
- Compañía de Transmisiones
- Grupo de Operaciones Especiales "Valencia III"
- Grupo de Operaciones Especiales "Tercio de Ampurdan IV"
- Grupo de Operaciones Especiales "Legionario Maderal Oleaga XIX"

Descripción de las Unidades que forman el MOE:

- Grupo de Cuartel General
Su objetivo es facilitar los apoyos tales como abastecimiento, mantenimiento, transporte u otros al resto de Unidades.

- Compañía de Transmisiones
Mediante transmisiones facilitar el mando y control de Unidades en combate

-Grupo de Operaciones Especiales "Valencia" III
Inicialmente su origen estaba en el Regimiento de Infantería Valencia III, de ahí su nombre y estaba formada por las compañías COE31, COE 32, COE 34 y COE y Plana Mayor. Participó en el asalto a la isla Perejil.

-Grupo de Operaciones Especiales "Tercio del Ampurdán" IV
Procede de las COES 41 Y 42 ubicadas en Barcelona

-Grupo de Operaciones Especiales "C. L. Maderal Oleaga" XIX
Porcede de la Bandera de Operaciones Especiales de La Legión y que en 2002 dejó de pertenecer a la Legión, su nombre se debe a Juan Maderal Oleaga, un legionario que recibió la Cruz Laureada de San Fernando a título póstumo por sus acciones en la guerra Ifni-Sahara.