Ubicado en el cuartel Palacio de la Infanta Isabel en la calle Quintana,7 de Madrid 28008, la misión del MAGEN, consiste proporcionar la preparación precisa a las Unidades auxiliares del Ejército del Aire (excepto Unidades de Enseñanza y Ensayos de Vuelos), facilitar el Despliege de las Unidades bajo su mando en el apoyo a actividades de defensa NBQ, contraincendios, combustible, automoción, armamento terrestre, etc.
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Unidades dependientes:

Academia Básica del Aire (ABA)
Academia General del Aire (AGA)
Acuartelamiento Aéreo Alto de los Leones /Escuadrilla de Transmisiones nº 3
Acuartelamiento Aéreo Bárdenas
Acuartelamiento Aéreo Castilleja / Escuadrilla de Transmisiones nº 2
Acuartelamiento Aéreo El Prat
Acuartelamiento Aéreo El Vedat/Escuadrilla de Transmisiones nº 4
Acuartelamiento Aéreo La Muela - Escuadrilla. de Transmisiones nº 6
Aeródromo Militar de Pollensa
Aeródromo Militar de Santiago
Agrupación de la Base Aérea de Cuatro Vientos
Agrupación de la Base Aérea de Torrejón
Agrupación de la Base Aérea de Zaragoza
Agrupación del Acuartelamiento Aéreo de Getafe
Agrupación del Acuartelamiento Aéreo de Tablada
Ala 23
Ala 37
Ala 48
Ala 49
Ala 78
Base Aérea de Alcantarilla
Base Aérea de Málaga
Base Aérea de Son San Juan
Centro Cartográfico y Fotográfico (CECAF)
Centro de Farmacia del Aire en Zaragoza
Centro de Sistemas Aeroespaciales de Observación (CESAEROB)
Centro Logístico de Armamento y Experimentación (CLAEX)
Centro Logístico de Intendencia (CLOIN)
Centro Logístico de Material de Apoyo (CLOMA)
Centro Logístico de Transmisiones (CLOTRA)
Enfermería del Mando Aéreo General (Zaragoza)
Escuadrilla Logística de Bobadilla
Escuela de Técnicas Aeronáuticas (ESTAER)
Escuela de Técnicas de Mando, Control y Telecomunicaciones (EMACOT)
Escuela de Técnicas de Seguridad, Defensa y Apoyo (ETESDA)
Escuela Militar de Paracaidismo Méndez Parada
Establecimiento Disciplinario Militar Norte
Grupo de Automóviles (GRUAUT)
Grupo de Escuelas de Matacán (GRUEMA)
Grupo de Transmisiones (GRUTRA)
Jefatura del Servicio de Búsqueda y Salvamento Aéreo (JESAR)
Maestranza Aérea de Albacete (MAESAL)
Maestranza Aérea de Madrid (MAESMA)
Maestranza Aérea de Sevilla (MAESE)
Residencia de Acción Social "Los Cogorros"
Residencia de Acción Social "Navacerrada"
42 Grupo de Fuerzas Aéreas
43 Grupo de Fuerzas Aéreas
45 Grupo de Fuerzas Aéreas
801 Escuadrón de Fuerzas Aéreas / RCC de Baleares