En 1850 se iniciaron la obras de construcción de la fortaleza con el proyecto del Coronel de Ingenieros Celestino del Piélagoque. Recibió el nombre de Isabel II siendo visitada por la reina en 1860. Para cuando finalizó su construcción en 1875 ya estaba anticuada. En 1896 se realizan reformas para adaptarse a la nueva artillería de costa.
Los primeros cañones fueron Krupp de 30,5 cm y 26 cm, después ya nuestra industria construyó los Ordoñez de 24 cm, y más tarde los Munaiz de 15 cm. En 1935 se instalaron dos cañones 381/45 Vickers-Armstrong mod.1926 siendo sus útimos disparos en 1991 estas dos piezas se conservan en la actualidad y pueden ser visitados.

En el siglo XX llegó a ser utilizada como prisión finalizando esa función en 1970 cuando se re-adaptó como Parque y Talleres de Artillería de la Unidad Logística y su batallón la Unidad de Servicios, Talleres y Municionamiento del que dependían los polvorines de Hornabeque, Ricardos y Munaiz dentro de la fortaleza.

Actualmente la Mola se gestiona a través del Consorcio del Museo Militar de Menorca y Patrimonio Histórico Militar del Puerto de Mahón y Cala de San Esteban, junto con el Museo Militar, el derruido Castillo de San Felipe y dos torres de defensa en las inmediaciones de Mahón.