Sus orígenes datan de 1503 en que por orden de los Reyes Católicos se crea en Sevilla la Casa de la Contratación donde además de dirigir la colonización y comercio con América se realizaron las primeras cartas cartográficas, se publicó el Atlas Marítimo de España de Vicente Tofiño obra cumbre de la cartografía española. El 17 de Diciembre de 1797 le sustituyó la Dirección de Trabajos Hidrográficos como organismo coordinador de los trabajos hidrográficos y cartografía que funcionó hasta el siglo XX y entre otros estudios cabe destacar las cartas empleadas en la Expedición Malaspina (1789-1794) y posesiones de ultramar. 

En 1908 se creó oficialmente en la Armada la especialidad de Hidrografía y en diciembre de 1943 como Instituto Hidrográfico de la Marina dependiente del Estado Mayor de la Armada y sede en Cádiz. Por Ley 7/1986 se le confiere la categoría de "Cartografía de Estado y de Documentación Oficial y preceptiva utilización para el navegante".

El Instituto Hidrográfico de la Marina tiene entre otras misiones las de levantamientos Hidrográficos y estudio del relieve submarino en las costas española y zonas marítimas, estudios de mareas, corrientes y fenómenos físicos que afécten a la navegación, peligros, cartas náuticas, certificación y homologación de instrumentos náuticos, trabajos de hidrográficos de interés para la Armada o de investigación que se le asignen, especialización de su personal y representación del Estado Español en la Organización Hidrográfica Internacional (OHI).

El Instituto Hidrográfico de la Marina dispone de embarcaciones para facilitar su labor como son.

- Buque Hidrográfico Malaspina (A-31), construido en los astilleros de La Carraca por la empresa Bazán, entregado a la Armada en 1975, reformado en 2007. Con base en La Carraca sus carácteristicas básicas son 58 mts. de eslora, 12  mts. de manga y 5,2 mts. de calado, 18 nudos de velocidad máxima y 4.000 millas de autonomía. Su armamento es 2 Ametralladoras OERLIKON 20mm, ametralladoras Browning 12,7 mm y MG 7,62 mm, además de la de su personal que es de 63 marinos.

- Lancha Hidrográfica Astrolabio (A-91), entregada a la Armada en 2001 tiene muelle en la Estación Naval de Puntales puede hacer trabajos hidrográficos del fondo marino lo que le habilita entre otros para la busqueda de naufragios, tuberías marinas, cálculos de balizamiento, portuarios, instalaciones de piscifáctorias, y viveros, etc. Tiene una eslora de 12,7 mts., 4,2 mts. de manga y 1 mt. de calado. Velocidad máxima de 25 nudos y 22o millas de autonomía.