El viejo hospital fue construido en 1809 para atender a los heridos en la guerra de la Independencia adaptando un convento de franciscanos pasando en 1836 a depender de la Marina. En su actividad asistencial atendió tanto a heridos militares procedentes de las guerras de África y de la guerra civil como a población civil en epidemias acontecidas como la fiebre amarilla, gripe española y tifus. Actualmente su ubicación es la Plaza de las Anclas.

En 1981 se inauguró un nuevo hospital de 12 plantas ubicado en la población militar de San Carlos, en San Fernando a escasos metros del anterior situado en la calle Juan Sebastián Elcano y próximo al Panteón de Marinos Ilustres. Desde 2005 por convenio con el Servicio Andaluz de Salud es de uso compartido