Los inicios de las Unidades de Operaciones Especiales datan de 1961 al crearse de forma experimental la nº71 en la Agrupación de Infantería Milán nº 3 en Oviedo y la nº81 en la Agrupación Zamora nº 8 en Ourense disponiendo como armamento el fusil CETME, pistola y cuchillo.
El 8 de diciembre de 1962 festividad de la Inmaculada estrenan su símbolo característico, la boina verde.

Con la reforma del Ejército de Tierra de 1965 y la creación de las Brigadas de Defensa del Territorio (BRIDOT) se crea una COE par cada uno de los Rgtos de infantería y a las cuales se les asigna un número y el nombre de un famoso guerrillero o militar célebre.

La relación fue la siguiente:
Coe 11 Juan Palarea Madrid
Coe 12 Isidro Mit Plasencia
Coe 21 Juan Sanchez Tarifa
Coe 22 Miguel de Quero Huelva
Coe 31 Milans del Bosch Alicante
Coe 32 El Cid Paterna
Coe 41 Baron de Eroles Barcelona
Coe 42 General Cabrera Tarragona
Coe 51 Espoz y Mina Zaragoza
Coe 52 Pedro Villacampa Barbastro
Coe 61 Jerónimo Merino Burgos
Coe 62 Mariano Renovales Bilbao
Coe 71 Juan Díaz Porlier Oviedo
Coe 72 Pelayo Gijón
Coe 81 Viriato Orense
Coe 82 Pablo Morillo Lugo
Coe 91 Fernandez Cañas Granada
Coe 92 General Castaños Ronda
Coe 101 Jose Manso Palma de Mallorca
Coe 102 Indibil Sta. Cruz de Tenerife
Coe 103 Mandonio Las Palmas de Gran Canarias
Uoel Suceso Terreros Ronda
Coe Emmoe Coe Jaca Jaca

A partir de 1979 comienza un proceso de transformación al unificarse COEs de entidad compañía a GOEs de entidad batallón iniciándose con la GOE I y al que seguirían el resto con la reforma del E.T. de 1985 y la reducción de 9 a 6 regiones militares.

Algunas COEs son disueltas y el resto agrupadas convirtiéndose en GOEs quedando con la siguiente organización:
- GOE I "Ordenes Militares" en Colmenar Viejo al unir las COEs 11, 12 y 13 de nueva creación.
- GOE II "Santa Fé" en Granada al unir las COEs 21 y 22.
- GOE III "Levante" en Alcoy después Alicante al unir las COEs 31 y 32.
- GOE IV "Tercio del Ampurdán" en Barcelona al unir las COEs 41 y 42.
- GOE V "San Marcial" en Burgos al unir las COEs 61 y 62.
- GOE VI "La Victória en A Coruña al unir las COEs 71, 72, 81 y 82.
- UOEL se reorganiza como Bandera de Operaciones Especiales integrada en el Tercio Alejandro de farnesio IV de la Legión.

En 1998 al crearse un mando único como Mando de Operaciones Especiales con sede en el acuartelamiento Alférez Rojas Navarrete en Alicante, se reorganizan de la siguiente forma:
Cuartel General
Unidad de Cuartel General
Unidad de Transmisiones
Unidad de Operaciones Especiales "Valencia III"
Unidad de Operaciones especiales "Tercio de Ampurdan IV"
Unidad de Operaciones Especiales "Legionario Maderal Oleaga XIX"

El cuadro de mandos difiere de una Unidad convencional, la dirección del MOE es un general de brigada y las compañías formadas por unas 60 personas están al mando de un comandante y las escuadras al mando de capitanes.