El Fuerte Santa Elena se construyó por orden del "adelantado" del Rey Felipe II  el militar y explorador Pedro Menéndez de Avilés al recibir el encargo de expulsar a los hugonotes franceses que estaban colonizando el norte de Florida e incluso habían construido los fuertes Charlesfort en 1562 que abandonaron por falta de alimentos y el fuerte Caroline en 1564 (ubicado en el actual Jacksonville, Florida). La expedición formada por unos 500 soldados tomó el fuerte francés el 28 de agosto de 1566 que en ese momento disponía de una guarnición de unos 20 soldados y 150 colonos cuyos supervivientes tuvieron que huir. El fuerte Caroline fue renombrado como Fuerte San Mateo que quedaría abandonado en 1569 trasladando su guarnición al fuerte de San Agustín.

El Fuerte Santa Elena y su misión jesuita fue la base de las expediciones del capitán Juan Pardo a fin de descubrir los territorios de Carolina del Norte y Carolina del Sur partiendo con una dotación de unos 125 hombres el 1 de diciembre de 1566 siguiendo notas de la exploración que ya realizó Hernando de Soto en 1540. La nieve de la Cordillera Azul de los Montes Apalaches le obligó a pasar el invierno en el poblado indio de los Joara (cerca del actual Morgantón, Carolina del Norte) donde construyó un fuerte de madera el Fuerte San Juan de Juala (o Xuala) donde quedaría el sargento Hernando Moyano de Morales y 30 soldados continuando la exploración por el río Catawba fundando un nuevo asentamiento el Fuerte Santiago (cerca del actual Salisbury, C. del Norte) dejando una escuadra y el misionero. Las relaciones con los nativos fueron beneficiosas obteniendo alimentos, enseñando sistemas de plantación, se construyeron otros fuertes menores si bien no hay evidencia de si finalmente fueron abandonados o perecieron por ataques indios. La expedición de Pardo finalizó el 2 de marzo de 1568 al regresar al Fuerte de Santa Elena.

El sargento Moyano dirigió una expedición hacia el pueblo Maniatique (cerca del actual Saltville, Virginia) donde se enfrentó a los indios chiaha obligando a Pardo a acudir en su rescate. Un ataque indígena devastó el Fuerte San Juan en 1568 dejando un único superviviente que hubo de refugiarse en el fuerte de Santa Elena. España ya no se adentró en más ocasiones hacia estos territorios. Restos arqueológicos hacen entender que el San Juan se encontraba en la localidad de Morganton, Carolina del Norte donde se ha construido un marcadador histórico desde 2008.

El Fuerte Santa Elena sufrió el ataque de los indios orista y escamacu pertenecientes al pueblo Cusabo en 1576 y 1580 que ya habían incendiado el Fuerte de San Felipe esto obligó a reforzar el fuerte y a construir el Fuerte de San Marcos como apoyo. En 1587 el fuerte y su misión disponían de unos 450 personas, ante el acoso de los indios y las acciones de piratas se decidió abandonarlo para trasladarse al Fuerte de San Agustín. Estos territorios de Las Carolinas volverían a ser colonizados pero por británicos.

En 2016 trabajos arqueológicos dirigidos por Chester DePratter, de la Universidad de Carolina del Sur, y Víctor Thompson, de la Universidad de Georgia han encontrado restos del Fuerte Santa Elena en lo que hoy es un campo de golf en Parris Island. Desde 1891 la isla quedó en interés para la defensa de EE.UU. siendo en la actualidad instalación militar para reclutamiento y formación del Cuerpo de Marines.