Se inició como misión jesuita en 1680 en el territorio de Pays d'en Haut (Paso Alto) al oeste de Montreal cerca del río Saint Joseph al que se le unió un puesto comercial para pieles y en 1691 se construyó el fuerte con una dotación de unos 10 soldados y sus familias además de misioneros. Como consecuencia de la Guerra de los Siete Años en 1761 fue tomado por Inglaterra siendo fuertemente atacados en 1763 por los indios potawatomi durante el transcurso de la Revelión de Pontiac. Durante la guerra de Independencia de los EE. UU. (1775-1783) el fuerte era usado como almacen de suministros, los nativos pidieron ayuda a los españoles del Fuerte de San Luis para atacar a los ingleses del Fuerte San José por lo que enviaron un contingente en 1781 al mando de Eugenio Pouré que con el apoyo de los indios Potawatomi lograron tomar el fuerte en una victoria tal que los británicos no enviarón a partir de entonces ninguna expedición más contra intereses españoles en Norteamérica. Por los acuerdos San Lorenzo de frontera entre España y EE.UU. el fuerte pasó a soberanía estadounidense en 1795 quedando abandonado. Habiendose convertido en un fuerte en el que han ondeado cuatro banderas.

En la actualidad se han realizado estudios arqueológicos localizando el fuerte y la misión teniendo la distinción de Lugar inscrito en el Registro Nacional de Lugares Históricos