Campeche es el nombre castellanizado que los españoles le dieron al llegar por primera vez a sus costas en 1517, un territorio en la península de Yucatán al que su población maya le llamaban Kaanpech "lugar de serpientes y garrapatas". El puerto se convertiría en uno de los principales del Golfo de México llegando la villa a obtener la categoría de ciudad y su escudo por orden del rey Carlos III en 1777. La conquista de Yucatán fue realizada por Francisco de Montejo nombrado Adelantado, gobernador y capitán general de Yucatán por Carlos I en 1526 al que acompañaron su hijo "el Mozo" y su sobrino "el Sobrino" los tres del mismo nombre y de ahí los apodos, no pudiendo finalizar la conquista hasta 1547 dado lo agerrido de los mayas fundandose entonces la villa por Francisco de Montejo "el Mozo" con plaza central y calles en forma de damero.

Ante los excesos de los conquistadores contra los nativos se promulgaron dos leyes de proteción en 1542 por Carlos I "Leyes Nuevas" por ninguna causa ni motivo alguno se podía esclavizar a los indios; ni por guerra, ni por rebeldía, ni por rescate, ni de otra manera alguna y la ley de Felipe II en 1547 con cédula real en favor de la libertad personal de los indígenas y la creación de la Alcaldía Mayor para hacerla cumplir.

Ciudad amurallada: La riqueza económica entorno al arbol de Campeche o palo de tinte atrajo a los piratas como Henry Morgan el 27 de enero de 1661 que saqueó dos buques comerciales en el puerto, el holandés Laurens de Graaf en 1685 que saqueó la ciudad y sus alrededores y otros ataques que forzaron a amurallar la ciudad encargo que se le hizo al ingeniero francés Louis Bouchard de Becour haciendo construir un muro con forma de exágono de 2560 metros de longitud y ocho baluartes quedando finalizado en 1704 a los que hay que añadir la capacidad defensiva del Fuerte de San Miguel y del Fuerte de San José "el Alto". Todo el conjunto tiene en la actualidad la calificación por la UNESCO de bien cultural inscrito en la Lista de Patrimonio Mundial como "Ciudad histórica y fortificada de Campeche".

El Fuerte de San Miguel se construyó entre 1771 y 1801 bajo la dirección del ingeniero Juan José de León y Zamorano de forma cuadrángular y foso con artillería de 20 cañones. En la actualidad en su interior se encuentra el Museo arqueológico de Campeche.

El Fuerte de San José el Alto construido en 1792 de forma cuadrada dispone de troneras para artillera no de baluartes protegido por foso en todo su alrededor. De el dependían dos baterías de costa: San Matías y San Lucas para cruzar sus disparos contra ataques piratas. En la actualidad es en Museo de Barcos y Armas, donde se exponen objetos arqueológicos sumergidos en aguas marinas del Golfo de México y Caribe Mexicano, restos culturales de la cultura maya y su relación con el agua recuperados en cenotes, los principales pecios identificados durante cuatro décadas relacionados a la navegación durante la época virreinal y con los hallazgos sobre la navegación a vapor y el desarrollo tecnológico paralelo.

Ambos fuertes desde 1925 hasta finales de los 50 fue utilizado como unidad habitacional de las familias del ejército federal, después quedó en el abandono durante más de 10 años. En 1963 se rehabilitaron para instalar el Museo de Armas y Marinería y para 1978 su colección fue sustituida a sus actuales actividades museísticas.