La autoridad militar recaía en un capitán general, un general de división como gobernador militar de  Manila y tres generales de brigada uno para cada distrito:  Manila,  Luzón y Mindanao. Las unidades militares estaban compuestas por oficiales españoles, al 50 por ciento de soldados españoles y reclutados indígenas. Los oficiales eran voluntários enviados desde la península a los que se les obligaba a firmar por 6 años y con la r