Situado al sur de la isla de Nutca o  Nootka en la cala de los Amigos (Friendly Cove) llamada así por los españoles que encontraron este puerto protegido y natural donde estaba establecida la tribu de los Nutca (Mowachaht) cuyo jefe era Macuina que colaboró en la construcción del fuerte si bien en los enfrentamientos con los británicos murió su hijo lo que ocasionaría dificultades futuras. El asentamiento español se creó en 1789 para proteger el Fuerte de Santa Cruz y para defender los intereses territoriales españoles que por la bula papal "Inter caetera" de 1493 le correspondían ante los intentos coloniales de británicos y rusos que estaban realizando asentamientos comerciales relacionados sobretodo con pieles de nutria y la caza de ballenas, lo que provocaría la "Crisis de Nutca" el enfrentamiento entre España y Reino Unido y que se inició al expulsar los españoles el asentamiento comercial británico John Meares. La Convención de Nutca fue una solución pacífica, sus gestiones duraron de octubre de 1790 a enero de 1794 supuso que no se mantendrían asentamientos permanentes con lo que los fuertes españoles hubieron de ser desmantelados quedando indefinida la soberanía que en la práctica acabaría en beneficio de EE.UU. reclamando sus derechos con la escusa de los acuerdos territoriales con España "Tratado de Adams-Onís" de 1819 lo que provocaría el enfrentamiento político con el Reino Unido que finalizaría con la firma del "Tratado de Oregón" en 1846 estableciendo los límites territoriales entre lo que sería el estado de Oregón de los EE.UU. y la Columbia Británica que en la actualidad forma parte de Canadá.

Antecedentes: En 1778 el capitán y explorador inglés James Coock exploró la zona de la bahía de Nutka y la Compañía Británica de las Indias Orientales instaló un puesto comercial  en la Isla de Nutka. 

- Primera construcción: El fuerte de San Miguel se construyó en mayo de 1789 por orden del Virrey de Nueva España, Manuel Antonio Flores que envió una expedición al mando del piloto primero y álferez de navio Esteban José Martínez conocedor de la zona de Alaska por otra expedición el año anterior donde pudo comprobar los asentamientos rusos. Allí se dirigieron desde el puerto de San Blas ((Nayarit, México) la fragata Nuestra Señora del Rosario "La Princesa" y el buque de suministro San Carlos donde encontraron buques comerciales estadounidenses a los que permitió marchar y buques comerciales británicos que pretendían tomar posesión de las tierras y a los que apresó lo que conllevaría la crisis de Nutca. Martinez hizo construir los fuertes de Santa Cruz y de San Miguel recibiendo en octubre la orden abandonarlos y de volver a San Blas lo que hizo con los buques apresados (el Argonauta, la Iphigenia Nubiana, la balandra Princess Royal, rebautizada Princesa Real, y la goleta Northwest América, rebautizada como Santa Gertrudis la Magna y más tarde como Santa Saturnina) y sus tripulaciones.

- Segunda construcción: Al año siguiente fue nombrado virrey el teniente coronel Juan Vicente de Güemes encargando al comandante del Departamento Naval de San Blas  Juan Francisco de la Bodega y Quadra nueva expedición y fortificación del fuerte quien designó al oficial naval Francisco de Eliza la encomienda. Partiendo de San Blas se dirigieron las fragatas, Concepción, Princesa, Aránzazu, el San Carlos, la goleta Santa Saturnina, " La Orcasitas" y el ex-británico Princesa Real este con intención de devolverlo llegando en abril de 1790 reconstruyendo y armando con cañones los fuertes con la unidad militar al mando del capitán Pere d'Alberní i Teixidor de la Primera Compañía Franca de Voluntarios de Cataluña que permanecieron hasta 1792. Desde allí se realizarían expediciones a Alaska y estudios cartográficos descubriendo entre otros el Estrecho de Georgia hasta 1795 en que por los acuerdos de la convención de Nutca hubieron de abandonar el fuerte siendo aprobechados por los nativos Mowachaht con su lider Macuina.