Fundado por José de Gálvez en 1768 para mejorar las condiciones que hasta entonces se realizaban desde el puerto de Matanchel punto de partida entonces para el abastecimiento de las misiones jesuitas hacia California. San Blas se encontraba en una bahía disponía del cerro del Vigía donde existía un pequeño fuerte donde se construyó el faro, desembocaba el río Santiago para la provisión de agua, si bien el poco fondo y arenoso de la bahía, los pantanos próximos, sus insectos y alimañas, el clima húmedo, la posibilidad de inundaciones dificultaban el establecimiento del puerto y de una población permanente por lo que tuvieron que realizarse muchos trabajos para la adaptación del terreno. Se organizó un poblado con reparto de tierras para sus colonos a fin de que estos produjeran mediante agricultura y ganadería alimentación para las naves y envio a las misiones además, de los bosques del interior se podía disponer de madera para la construcción de buques. Se construyó también un cuartel, un hospital, pabellones para la administración del puerto, de residencia para la marinería, almacenes, iglesia y arsenal para la construcción y reparación de buques.

San Blas quedó establecido como Departamento Marítimo con funciones militares por lo cual se le asignó un comandante de marina en dependencia directa del virrey auxiliado por un comisario para las labores administrativas principalmente las económicas. El puerto quedó financiado por la Real Hacienda disponiendo de empleados asalariados con diferentes oficios desde oficiales de la Armada y marineria (alferez de fragata, piloto, capitán de maestranza, contramaestre de arsenal, etc.); empleos como cirujano o sacerdote y oficios como sastre, carpinteros, herreros, corchador, tonelero, carbonero, etc. así como mujeres como cocineras y lavado de ropa.

El puerto de San Blas fue el principal puerto novohispano del Pacífico, aquí recalaba el Galeón Manila, fue punto de partida para la colonización de California, las expediciones hacia Oregón y Alaska y base para galeones y otros buques de guerra como el Santiago, La Favorita, Concepción, Princesa, Aránzazu, el San Carlos, el San antonio, la goleta Santa Saturnina, La Orcasitas y el ex-británico Princesa Real. Se estableció ruta de navíos comerciales con Manila convirtiéndose el puerto de San Blas en receptor de mercancias provinientes de Filipinas y que también traían de China; los buques tras casi 6 meses de navegación llegaban muchos con necesidades de reparación por tener maderas podridas. El hospital dispuso de 100 camas y 11 cirujanos para la atención del personal militar, marinos, sus familias incluyendo servicio de urgencia 24 horas además de estar disponibles para trasladarse a embarcaciones e incluso a Manila.

El 1° de diciembre de 1810 el puerto fue tomado por los independentistas mexicanos que obigarón a capitular a su primer oficial el Capitán de Fragata José Lavayen. Aquí se organizó el Batallón de San Blas durante la guerra contra EE.UU.en 1847 que participó en otras acciones como las de la batalla de Cerro Gordo y la defensa del Castillo de Chapultepec disponiendo como base el fuerte de "La Contaduría". En la actualidad San Blas es la sede de la Décima Zona Naval dependiente de la Secretaría de Marina-Armada de México y su ciudad tiene una población de unas 44.000 personas siendo por su naturaleza y hermosas playas una zona turística a la que ir eso sí con repelentes de mosquitos jejenes. Pueden visitarse el Fuerte de la Contaduría en el cerro de San Basilio y las ruinas del Templo de Nuestra Señora del Rosario.

De aquí se inspiró la canción "En el muelle de San Blas" del grupo Maná que narra la historia real de Manuel y Rebeca a una semana de que se casaran, cuando este salió a pescar el día que un terrible huracán azotó el Pacífico y nunca se supo más de él.