La Flotilla de Aeronaves (FLOAN) constituye la fuerza aérea embarcada en los buques de la Armada. Está organizado en diferentes jefaturas (logística, personal, operaciones, seguridad en vuelo, jefes de escuadrilla, jefe de simulación, etc), Segundo Escalón de Mantenimiento y Grupo Aéreo Embarcado.

Su origen data de 1922 con la construcción del buque portahidroaviones Dédalo y de la División Naval de Aeronáutica impulsada por el entonces Capitán de Corbeta Pedro María Cardona y Prieto fallecido en 1936 y cuyos restos desde 2000 reposan en el Cementério de Marinos Ilustres de San Fernando. Finalizada la guerra civil quedó desactivada hasta 1954 que con los acuerdos hispano-americanos se crea la 1.ª Escuadrilla de Aeronaves  con base en la Escuela Naval Militar de Marín, Pontevedra con la llegada de tres helicópteros Bell 47G y la formación en EE.UU. de tres oficiales y tres mecánicos. En 1957 se traslada a la Base Naval de Rota quedando incorporados en 1963 nuevos helicópteros Sikorsky S55/CH-9E en la recién creada 2ª Escuadrilla. Entonces operaban bien desde tierra bien desde los destructores Roger de Lauria y Marqués de la Ensenada a los que se les había adaptado una plataforma hasta 1967 en que inicialmente en alquiler luego en 1973 como compra entró en servicio el portaaviones ligero USS Cabot que en la Armada quedó asignado como Dédalo (R-01). Durante las décadas 70 y 80 la incorporación de buques clase Terrebonne Parish y clase Churruca con cubierta de vuelo así como los de transporte de ataque Castilla y Aragón facilitan la incorporación de nuevas unidades aéreas como los 8 helicópteros de ataque AH-1G HueyCobra que conformarón la 7ª Escuadrilla o los cazabombarderos V/STOL McDonnell Douglas AV-8A/S Matador de la 8ª Escuadrilla. En 1988 se incorpara el porta-aviones Principe de Asturias (R-11) creandose la 9ª y 10ª Escuadrilla con Harrier II Matador II y Sikorsky SH-60B Seahawk. La FLOAN continúa un proceso de modernización y actualización como fue en 2015 la creación de la 11ª Escuadrilla que con base en Torregorda, San Fernando opera con  sistemas no tripulados ScanEagle.

A medida que evolucionan tecnológicamente las Flotillas lo hace el Segundo Escalón de Mantenimiento siendo 1968 el año en que se amplian los talleres en Rota creandose el primer taller de turbinas, Fuselajes, Aviónica, Maquinaria, y Torpedos, para trabajos de 1º, 2º y 3º Escalón de Mantenimiento, Almacén de Torpedos, y el de Repuestos. En 1976 con la incorporación de los aviones Harriers AV-8 se forma la 8ª Escuadrilla y se cambia el nombre de la Flotilla de Helicópteros por el de Flotilla de Aeronaves.