El Centro Militar de Farmacia de la Defensa en Burgos se encuentra en el Paseo Fuentecillas sus instalaciones de 2.000 metros cuadrados datan de 1948 creadas como Instituto de Farmacia del Aire con el objetivo de formar a especialistas y fabricar medicamentos para el Ejército del Aire. fue la encargada en 2009 de encapsular antivirales del virus H1N1 en la crisis de la gripe A. Llevó a cabo la elaboración de los comprimidos de fosfato de oseltamivir, que se distribuyeron entre la población general. En 2018 dejó de fabricar medicamentos para pasar a la producción a depuradoras de agua, repelente de insectos, solución de povidona yodada, crema de enmascaramiento con protección solar, antitranspirante y dermoprotección para climas hostiles, entre otros.

El Centro Militar de Farmacia de la Defensa (CEMILFARDEF) se encuentra en la Base Logística de San Pedro al mando de un coronel. Hasta 2016 estaba distribuido en Madrid, Córdoba y Burgos quedando unificados en la Base San Pedro cuando sus nuevas instalaciones quedaron inauguradas el 20 de octubre de 2015 si bien se mantiene como destacamento la de Burgos con una pequeña producción farmacéutica.

Es de utilidad pública sin ánimo de lucro; fabrica, almacena y distrubuye material farmacéutico para las FF.AA.,antídotos NRBQ, y según reza en su misión "del conjunto de la población española si se detuviese la producción de medicamentos debido a alguna emergencia sanitaria provocada por un conflicto internacional, un desastre natural o una pandemia"

El Centro Militar de Farmacia de la Defensa en la Base San Pedro está distribuido en tres zonas: Un edificio de dos plantas donde se encuentra el Mando y gestión administrativa así como un museo, otro de dos plantas donde se realiza todo el proceso de I+D con laboratorios de investigación, ensayos, innovación, mejoras...y la nave de producción de 2000 metros cuadrados aislada del exterior para evitar contaminación se distrubuye en 3 módulos: el de medicamentos estériles, donde se fabrican ampollas, sueros, jeringas prellenadas, autoinyectables y colirios. El módulo de sistemas, donde se producen las pomadas y cremas. Finalmente, el modulo de fabricación de formas orales sólidas; esto es, comprimidos y cápsulas. además dispone de un área de almacenamiento de 5000 metros cuadrados climatizados.

La Inspeccion General de Sanidad de la Defensa está dirigida por un general de división del Cuerpo Militar de Sanidad cuya misión es gestionar los apoyos sanitarios, logisticos y operativos en cuanto a la red sanitaria militar y el apoyo farmacéutico, veterinario y psicológico que le encomienden el Jefe de Estado Mayor de la Defensa y de los Jefes de Estado Mayor del Ejército de Tierra, de la Armada y del Ejército del Aire. D

* actualidad abril 2020* Con motivo de la pandemia de coronavirus de 2020 el Centro Militar de Farmacia de la Defensa tanto en sus instalaciones de Colmenar Viejo como en la de Burgos están fabricando para uso de las FF.AA. y de la población española hidrogel, paracetamol, antivirales (ribavirina) a fin de evitar desabastecimiento y aumento de precios. Quedando a disposición de desarrollar la línea de producción que se les encomienden.