El establecimiento de misiones españolas por Norteamérica se inició como contención ante la expansión francesa por Lousiana y como es habitual en los colonizadores españoles con misioneros para evangelizar a los nativos; se les enseñaba la lengua castellana y oficios como la agricultura (maiz, frijoles, frutas, etc), construcción, carpintería, herrería, etc. y ganadería (vacas, ovejas, bueyes, caballos, etc). Las misiones al principio construidas en madera aveces atacadas por indios apaches se fortificaron en piedra formando un conjunto arquitectónico donde la principal edificación era la iglesia y a su alrededor otras construcciones donde podían residir nativos, soldados y almacenes quedando un patio central. Su prosperidad y seguridad atrajo la llegada de nativos y así se fundaron las primeras ciudades en Norteamérica.

De las primeras misiones en Texas fue por la zona del actual El Álamo por 1718 en este caso liderada por el franciscano Antonio de Olivares; un huracan destruyó este establecimiento trasladándose al norte y como en la anterior ubicación también era atacada por apaches por lo que se hizo fortificada en piedra blanca en 1744  en este caso en donde hoy se enuentra El Álamo. En 1803 el fuerte vió reforzada su presencia militar al serle destinada la Segunda Compañía Volante de San Carlos de Parras compuesta por 100 soldados procedentes de una guarnición con sede en Álamo de Parras al sur de Rio Grande y de ahí procede el nombre que se les dió "la compañía del Álamo" ante se le conocía como Misión de San Antonio de Valero.

Durante la guerra de independencia de México los insurjentes tomaron el fuerte entre 1821 y 1835 siendo Texas replobado por mexicanos y sobretodo de estadounidenses lo que propició que estos se revelaran buscando la independencia respecto a México tomando el fuerte en enero de 1835 y al mes el general Santa Ana lo recuperó tras un duro asedio de 13 días sin embargo perdió la guerra en 1836 y Texas se proclamó república independiente siendo anexionada por los EE.UU. en 1845.

La edificación de El Álamo se fue deteriorando de hecho desde 1830 la iglesia carecía ya de techo siendo el complejo restaurado en 1968 incluidas la acéquia "Acequia Madre de Valero" construida en 1719 que abasteció al fuerte y a la ciudad de agua hasta 1877.