Por ley 58/1961, de 22 de julio, se crearon las Escuelas de Formación Profesional Industrial del Ejército del Aire, impartiéndose los cursos de formación profesional de 1º y 2º grado, obteniendo el título correspondiente homologado de formación profesional. Los alumnos al mismo tiempo realizaban el servicio militar y facilitaba su acceso como sargentos especialistas. La primera promoción fue en septiembre de 1963.

Los orígenes del cuartel son la base aérea de Recajo construida entre 1924 y 1928 con una pista de 1 km de largo. En 1929 se destinó una dotación de 16 aeroplanos De Havilland constituyendo el Grupo 23 de Reconocimiento. En febrero de 1932 cambió su nombre como Aeródromo de Agoncillo.
En 1939 los talleres dan origen a la Maestranza Aérea de Logroño, que estará en funcionamiento hasta la década de los 50 dedicándose a la reparación de aviones, motores y equipos. Desde 1946 también fue empleado para uso civil y del Aeroclub de Logroño y se amplia la pista a 1.500 mts.
En los años 80 el aeródromo es utilizado por helicópteros de la Guardia Civil y del Ejército de Tierra y en 1994 las instalaciones son traspasadas al E.T. estableciéndose una base de Fuerzas Aeromóviles del Ejército de Tierra (FAMET).

Desde 1998 es declarado como aeropuerto de Logroño-Agoncillo y en mayo de 2003 se inaugura el nuevo conjunto de instalaciones del aeropuerto: edificio terminal de pasajeros de 4.000 metros cuadrados; edificio multiservicios, pista de 2.000 metros de longitud, torre de control, etc.