Fundado por José de Gálvez en 1768, San Blas se encontraba en una bahía donde desembocaba el río Santiago, zona pantanosa, mosquitos y de clima húmedo, se producían hinundaciones a pesar de ello se creó una población para abastecer las necesidades de la base naval, del arsenal donde construir y reparar buques así como iglesia y hospital

El puerto de San Blas fue el principal puerto novohispano del Pacífico, aquí recalaba el Galeón Manila, fue punto de partida para la colonización de California, las expediciones hacia Oregón y Alaska y base para galeones y otros buques de guerra como el Santiago, La Favorita, Concepción, Princesa, etc. El 1° de diciembre de 1810 el puerto fue tomado por los independentistas mexicanos,aquí se organizó el Batallón de San Blas durante la guerra contra EE.UU.en 1847

En la actualidad San Blas es la sede de la Décima Zona Naval dependiente de la Secretaría de Marina-Armada de México y su ciudad tiene una población de unas 44.000 personas Pueden visitarse el Fuerte de la Contaduría en el cerro de San Basilio y las ruinas del Templo de Nuestra Señora del Rosario. De aquí se inspiró la canción "En el muelle de San Blas" del grupo Maná que narra la historia real de Manuel y Rebeca a una semana de que se casaran, cuando este salió a pescar el día que un terrible huracán azotó el Pacífico y nunca se supo más de él.