El Ejército dispuso de personal en Mostar, Medjugorje , en la base Camp Butmir en Sarajevo, Duzi, Trebinje y otros

Tras el desmembramiento de Yugoslavia se desencadenaron en 1991 conflictos armados entre los nuevos estados inicialmente entre Eslovenia y Croacia extendiendose a Bosnia-Hercegovina cuyo territorio también lo pretendía Serbia. La ONU mediante la Resolución 1031 en 1992 envió cascos azules a fin de crear un corredor humanitario y a fin también de proteger unos acuerdos de paz que se demostraron efímeros se le dió el nombre de "Fuerza de Protección de Naciones Unidas" (UNPROFOR) en el que participó España creando zonas de seguridad y protección de convoys de ayuda humanitária; en julio la fragata Baleares se integró a la Flota Permanente de la OTAN en el Mediterráneo para realizar embargo de armamento en el Adriático. En noviembre se incorporó el primer contingente del Ejército de Tierra al que después también participaron miembros de la Infantería de Marina.

En 1993 la guerra se extendió con gran violencia hacia Mostar en el valle de Neretva zona asignada al contingente español. El 13 de mayo de 1993. falleció el teniente de Infantería Arturo Muñoz Castellanos, primer militar español muerto en una misión internacional.

En noviembre de 1994 se incorpora el destacamento Ícaro del Ejército del Aire teniendo como base la de Aviano en Italia disponiendo de seis cazas de combate F-18 y un avión C-130 Hércules. .

En julio de 1995 se produjo el mayor genocidio en Europa después de la II Guerra Mundial en la que 8.373 bosnio-musulmanes fueron asesinados por tropas serbio-bosnias al mando del general Ratko Mladić i del político  Radovan Karadžić que serían pasada la guerra detenidos y condenados por genocidio por el Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia. 

El 14 de diciembre de 1995 en París se firmaron los acuerdos de paz de Dayton finalizando la guerra en los Balcanes sustituyendose los cascos azules por la misión IFOR de la OTAN que a lo largo de los años irá reduciendose en personal y objetivos quedando desde octubre de 2010 una presencia militar con el objetivo de asesoramiento y entrenamiento de la FF:AA. de Bosnia-Herzegovina. Hasta esos momentos fueron más de 46.000 los militares españoles que participaron de los cuales 22 y un interprete perdieron su vida.

La labor del contingente militar español abarcó también la enseñanza del castellano desde 1999 con el Programa Cervantes. Ha sido reconocida con el Premio Principe de Asturias de Cooperación Internacional, en Mostar su plaza Mayor ha sido renombrada como plaza de España, la ciudad de Trebinje nombró una de sus avenidas como de España y la carretera que bordea el río Neretva se conoce como la Ruta de los Españoles.

Lectura recomendada: 

https://ejercito.defensa.gob.es/Galerias/multimedia/boletines/2017/Especial_B-H.pdf

https://ejercito.defensa.gob.es/misiones/europa/bosnia/mision_bosnia/index.html

https://ejercito.defensa.gob.es/nftp/Libro_MisionBosnia/index.html