La Comandancia Militar de Marina de Santa Cruz de Tenerife se remonta por lo menos a 1802 en que se tiene constancia del nombramiento del nombamiento para dicha responsabilidad del Capitán de Navío Don Domingo Ponte. 

La creación de las Comandancias y Ayudantías de Marina se estableció en la Ordenanza de Matrículas de 1802.

Su dependencia es del Mando Naval de Canarias y su misión son las relacionadas con la seguridad marítima, vigilancia.