Creada en 1911 al ser considerada como Comandancia lo que antes tenía la consideración de Ayudantía teniendo su sede en un edificio del puerto desde 1950 trasladandose en 2006 al edificio Florentina en la Melilla Vieja debido a la necesidad de derribo para ampliar la zona portuaria.

Las Comandancias Navales estan integradas en la Fuerza de Acción Marítima de la Armada (FAM) su comandante un Capitán de Fragata es la representación institucional de la Armada en su zona de responsabilidad siendo entre otras misiones: la ejecución de la Acción Marítima de la Armada para garantizar la protección de los intereses marítimos nacionales en áreas de soberanía y en las que España tenga interés, el poyo a buques de la Armada y marinas de otros países en escalas portuarias, apoyo a buques de la Armada en actividades de vigilancia pesquera y seguridad marítima, apoyo a despliegues de la unidad de buceo para desactivación de artificios y municiones sin explotar, protección del Patrimonio Arqueológico Subacuático, la coordinación con todos los organismos e instituciones de las Administraciones Estatales y Autonómicas con competencias en el ámbito marítimo y organizaciones no gubernamentales,empresas privadas y personas relacionadas.