El Castillo San Carlos de Borromeo fue construido en el siglo XVII para proteger al puerto de Pampatar del ataque de piratas y corsarios. Durante mucho tiempo fue la construcción militar más sofisticada de la isla.

Junto con el Fortín de la Caranta, ubicado al otro lado de la bahía, protegían con su fuego cruzado, el puerto y la aduana de Pampatar contra los ataques de los corsarios y piratas de la época, que asechaban la Isla de Margarita y que eran el azote de las poblaciones costeras en el Mar Caribe.

El castillo fue destruido por completo en 1662 por piratas Holandeses. En 1664 el capitán Carlos Navarro inició la reconstrucción del castillo tras un proyecto del ingeniero militar Juan Betín. No había finalizado aun la construcción de este nuevo castillo cuando en 1677 fue parcialmente destruido por el ataque de una escuadra francesa. Las obras culminaron en 1684, pero desde entonces tuvo que ser reconstruido muchas veces durante la época de la colonia o la guerra de independencia.

A comienzos de 1813, la isla de Margarita fue atacada por las tropas del general patriota Santiago Mariño a mediados de agosto. En la refriega, producto del sitio al que había sido sometido el Castillo San Carlos de Borromeo, fue herido gravemente de un balazo el feroz gobernador español Eusebio Antoñanzas; asistido por sus partidarios, después de evacuar Cumaná y Pampatar, falleció en Estados Unidos, al poco de haber llegado, a comienzos de septiembre del mismo año.

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