La ciudad de San Agustín fue fundada en 1565 para su defensa se construyó un fuerte de madera que se fue renovando para defenderse de los piratas hasta 1672 que se hizo en piedra coquina (procedente de sedimentos calcáreos de corales, conchas, etc.) extraida de la isla próxima de Anastásia esto permitió a sus muros absorber impactos en lugar de rajarse. La obra se realizó con trabajadores procedentes de Cuba y por antiguos esclavos huidos de Georgia que si podían llegar a territorio español alcanzaban su libertad (Véase Fuerte Mosé), tiene forma de estrella quedando finalizada en 1695. El fuerte con 300 soldados resistió un asedio inglés en 1670 quedando dañado y reconstruido en 1702 bajo la dirección del ingeniero Pedro Ruiz de Olano. En 1739 otro asedio británico fue rechazado y se decidió la construcción del Fuerte de Matanzas junto a la desembocadura del rio de ese nombre para reforzar la posición del Fuerte de San Marcos. Ambos castillos son los únicos en el mundo construidos con este tipo de piedra y San Marcos único fuerte del siglo XVII que se mantiene en pié en EE.UU.
Por el Tratado de París (1763), que puso fin a la Guerra de los Siete Años, Gran Bretaña obtuvo Florida a cambio de devolver a España Cuba y Filipinas utilizando el fuerte como prisión. Con el Tratado de París (1783) y el fin de la Guerra de Independencia de los Estados Unidos, Florida fue devuelta a España. Sin embardo la soberanía española sobre Florida solo se mantuvo hasta 1819, cuando por el Tratado de Adams-Onís Florida fue cedida a Estados Unidos.
EE.UU.bautizó el fuerte como Fort Marion si bien nunca volvió a participar en batalla alguna dejando de ser de interés militar en 1900 recuperando su nombre original en 1942 y obteniendo la consideración Monumento Nacional.
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El sistema de esclavitud español permitía que pudieran tener pertenencias personales, casarse, mantener unidas sus familias, acudir a los tribunales en defensa de sus derechos e incluso comprar su libertad. Esto hizo que en 1687 once esclavos lograran refugiarse en San Agustin y fueran acogidos al hacerse católicos siendo contratados por un peso al día para la construcción del Castillo de San Marcos. En 1693 el Rey Carlos II de España decretó mediante una Real Cédula que todos los esclavos fugitivos que alcanzasen Florida, hombres o mujeres, siempre que abrazasen la fe católica, fuesen liberados. Muchos de ellos se integraron en las llamadas "Milicias Negras" entre los que destacó un esclavo mandingo que se hizo llamar Francisco Menendez que por su heroicidad frente alos ataques ingleses fue ascendido a capitán y jefe del fuerte. La libertad obtenida atrajo a más esclavos probocando una contundente respuesta militar británica de Georgia en 1740 logrando tomar el Fuerte Mosé sin embargo fueron expulsados por la intervención de la propia milicia negra, desde el fuerte de San Marcos y por indios nativos a esta batalla se la conoce como "Bloody Mose"o " El Sangriento Mose". La Milicia Negra y sus familias quedaron viviendo en la población de San Agustín y volvieron a reconstruir el fuerte en 1756 si bien con tres muros y como cuarto el propio arroyo de Mosé hasta 1763 en que al pasar Florida a soberanía británica huyeron todos a Cuba.
Cerca del Castillo de San Marcos se construyó el Castillo de Matanzas y el Castillo de Mosé donde muchos esclavos africanos huidos de los campos de algodón de Georgia y las Carolinas pudieron llegar y ser libres.