AGRUSAN 3 procede del histórico Grupo Regional de Sanidad Militar nº 5 si bien en su historial más reciente se creó como tal el 1 de julio de 2005 al integrar el Grupo de Sanidad III/3 (ex Unidad de Asistencia Sanitaria XI/41), el Escalón Médico Avanzado de Tierra III/3 (ex  Escalón Médico Avanzado Terrestre Norte) y las Farmacias Depósito de Zaragoza y Barcelona 

La Base San Jorge se corresponde con el antiguo Acuartelamiento Capitán Mayoral donde también se encuentra la Agrupación de Apoyo Logístico 41.

AGRUSAN 3 dispone de 2 Unidades de Apoyo Sanitario y una Compañía de Plana Mayor tiene capacidad para descontaminación NBQ, cirugía inicial para realizar intervenciones quirúrgicas urgentes a heridos que no toleran un traslado inmediato, evacuación de bajas, medicina preventiva, asistencia dental, suministro de material sanitario a Unidades que le dependan, asistencia psicológica, etc.