Unidades que integran la Base: Ala 49 y  801 Escuadrón de FF.AA.
La aviación en Baleares se inicia en 1910 con un vuelo de exibición en el hipódromo de Son Maciá, en 1916 aterrizó en la explanada de Son San Joan un avión procedente de Barcelona. Durante la Guerra Civil fué empleado por la Aviación Italiana y en 1939 con la creación del Ejército del Aire es destinado el 28 Grupo de Caza. Tras multiples cambios de normbre y reorganizaciones en 1956 se crea el 41 Escuadrón de Caza con aviones norteamericanos F 86F y reactores de entrenamiento T 33A.
En 1950 se eleva la categoria a Base Aérea de Son San Joan. En 1959 se crea el Ala 4 dotánde de misiles aire-aire AIM 9 siendo trasladada la Unidad a la peninsula. En 1967 y como resultado de unir la 55 Escuadrilla de Salvamento ubicada en Pollensa (hidroaviones) y la 50 Escuadrilla (aviones anfivios) se crea el 801 Escuadrón de Fuerzas Aéreas.

En la actualidad el 801 Escuadrón de FF.AA. dispone de aviones CASA C212 Aviocar, CASA CN-235 VIGMA y helicópteros AS.332B Súper Puma (HD.21) y SA.330 Puma (HD.19),  está integrado en el Ala 49 creado en 2011 cuya misión es el Servicio de Vigilancia y Rescate (SAR) y vigilancia marítima. El Ala 49 está en dependencia del Mando Aéreo General (MAGEN) y su Jefe lo es de la Comandancia Militar Aérea de los aereopuertos de Palma de Mallorca, Ibiza, Menorca y San Bonet. Dispone de las siguientes aeronaves, CASA 235, Aerospatiale SA 330 Puma y Puma AD 19.

La Base Aérea de Son San Joan comparte pistas con el Aereopuerto de Palma de Mallorca. Recibió visita oficial en 2005 del Principe de Asturias y en 2008 de SAR el Rey Don Juan Carlos I.