El Fuerte de San Miguel se construyó entre 1771 y 1801 bajo la dirección del ingeniero Juan José de León y Zamorano de forma cuadrángular y foso con artillería de 20 cañones. En la actualidad en su interior se encuentra el Museo arqueológico de Campeche.
El Fuerte de San José el Alto construido en 1792 de forma cuadrada dispone de troneras para artillera no de baluartes protegido por foso en todo su alrededor. De el dependían dos baterías de costa: San Matías y San Lucas para cruzar sus disparos contra ataques piratas. En la actualidad es en Museo de Barcos y Armas, donde se exponen objetos arqueológicos sumergidos en aguas marinas del Golfo de México y Caribe Mexicano, restos culturales de la cultura maya y su relación con el agua recuperados en cenotes, los principales pecios identificados durante cuatro décadas relacionados a la navegación durante la época virreinal y con los hallazgos sobre la navegación a vapor y el desarrollo tecnológico paralelo.
Ambos fuertes desde 1925 hasta finales de los 50 fue utilizado como unidad habitacional de las familias del ejército federal, después quedó en el abandono durante más de 10 años. En 1963 se rehabilitaron para instalar el Museo de Armas y Marinería y para 1978 su colección fue sustituida a sus actuales actividades museísticas.
