Apostadero de Manila y principales buques: Eran a modo de bases navales españolas en America y Asia en puertos o bahías donde los buques de la Armada podían repararse, armarse y repostar disponían también de hospital y arsenal con armamento y munición, a su mando estaba un comandante de Marina en dependencia del virrey. En su organización se encontraba un Estado Mayor, un Arsenal, comisaría de material y jefaturas de armamentos, ingenieros y artillería.

En la batalla naval de Cavite y al mando del contraalmirante Patricio Montojo estuvieron presentes los principales buques de la Armada en Filipinas:  los cruceros desprotegidos Reina Cristina (buque insignia) y Castilla (de madera), los cruceros protegidos de segunda clase Isla de Cuba e Isla de Luzón, Antonio Ulloa y Juan de Austria y el cañonero Marqués de Duero.

La primera relación de buques existentes por estar en otros puertos tras el 1 de mayo de 1898 fue la siguiente:

-Cañoneros: Leyte, Arayat, Belusan, Elcano, Paraguá, Calamianes, Panay, Mindoro, Samar, Manileño, Pampanga, Mariveles, Quirós y Villalobos (estos dos últimos en islas Carolinas)

-Transporte: Cebú, General Álava

-Lanchas: España, Blasco, Urdaneta, Gordoqui, General Blanco, Lanao, Almonte, Corcuera

Estas embarcaciones se reunieron en IIo-IIo y matuvieron enfrentamientos con los EE.UU. hasta el 10 de septiembre quedando algunas con cuantiosos deterioros apresamientos y hundimientos algunos por sus tripulaciones antes de ser apresados como los buques Arayat, Bulusán, Corcuera, Almonte, General Blanco y Lanao.

Por el Tratado de París pertenecerían a España aquellos buques de guerra que no hubiesen sido apresados en acciones de guerra si bien los EE.UU. no cumplieron esto en su totalidad (Leyte, Ordicia) y otros fueron vendidos a EE.UU.(Elcano, Villalobos, Quirós, General Álava)