Este cuartel estaba junto al Parral y al Monasterio de Santa María la Real de las Huelgas.
La sanidad militar de Burgos se correspondía al 1º Grupo que dependía de la 2ª Comandancia que tenía su sede en Zaragoza. En la Guerra Civil se organizó el 1º Grupo en Compañías adscritas a la División Navarra, creándose el "Grupo de Sanidad Militar nº 6" en dependencia del Cuerpo de Ejército de Navarra. En 1939 queda instalada la sanidad militar de Burgos en el Acuartelamiento General Yagüe.

.-En 1946 se organiza en "Agrupación de Sanidad Militar nº 6" en dependencia de la Capitanía General de la VI Región Militar.
.-En 1958 cambia su denominación a "Grupo Regional de Sanidad Militar nº 6".

.-El 2 de febrero de 1987 en aplicación del plan META se crea la Agrupación de Apoyo Logístico nº 51 donde se integrarán en la "Unidad de Asistencia Sanitaria XI/51", las unidades sanitarias: Grupo de Sanidad nº 6, la Unidad Veterinaria nº6 y la Unidad de Farmacia nº6

.-El 22 de octubre de 1993 finaliza la actividad del cuartel y la Unidad de Asistencia Sanitaria XI/51 se traslada del acuartelamiento General Yagüe al Acuartelamiento Diego Porcelos.

.-El 30 de junio de 1998 se disuelve la AALOG nº51 al crearse la Unidad de Apoyo Logístico LI en dependencia del Mando de Apoyo Logístico de la Región Militar Noroeste.
De forma progresiva se irán trasladando todas sus unidades al Acuartelamiento Capitán Mayoral.

.-El 1 de julio de 2005 cambia la denominación a AALOG 51