Creado en 1956 como Unidad de Comprobación y Calibración de Ayudas (UCCAN), con aportación de los primeros aviones procedentes de la colaboración con EE.UU. fueron los Beechcraft D.18 y DC-3; mejorando los medios a mayor altura de comprobación al disponer en 1966 de un Convair 340.
En la década de los 70 la incorporación de los Falcon 20 equipados con una consola y registrador de datos de altura supusieron una importante mejora en los medios técnicos de inspección de las ayudas a la navegación y renovación tecnológica en 1983 con el Falcon 50.
En 1986 en colaboración con el ministerio de Sanidad se inician los primeros transportes de órganos para transplante.
En 1987 es cuando el 401 Escuadrón pasa a denominarse 45 Grupo de Fuerzas Aéreas, y queda constituido por diversos escuadrones.
En 1988 al incorporarse un Boeing 707 se adquiere la capacidad para el reabastecimiento en vuelo. Este año se incorporan los primeros Falcon 900.
En 1993 la Unidad se traslada del aereopuerto de Barajas a la Base Aérea de Torrejón de Ardoz siendo actualmente su principal misión el traslado de autoridades para lo que dispone de dos Airbus A310 y cinco Falcon 900B.